Изменения рекомендуем хранить в папке /local/. Папка /local/ не перезаписывается при обновлениях системы.
Ядро продукта - файлы, находящиеся в директории /bitrix/modules/ , а так же файлы системных компонентов: /bitrix/components/bitrix/
Файлы, к которым нельзя обращаться напрямую (они не должны выполняться, будучи вызванными напрямую по адресу в браузере), должны содержать в начале следующий код проверки:
<?if(!defined("B_PROLOG_INCLUDED") || B_PROLOG_INCLUDED!==true)die();?>
К таким файлам относится все, что работает внутри продукта, например: шаблоны сайтов, шаблоны компонента, файлы .parameters.php и .description.php.
Шаблоны хранятся в каталогах:
/bitrix/templates/.default/page_templates/;
/bitrix/templates/ID_шаблона_сайта/page_templates/
служебный файл .content.php